都蘭寺全稱“噶丹桑阿玉仁佩林”，意為“具喜密宗增益洲”，因位于都蘭河畔故俗稱都蘭寺。其歷史最早可追溯到元世祖元年(1271年)。據說當時有位叫阿嘉措的禪師隱目在塔延森林中坐禪，相傳他很有法術，信仰藏傳佛教。其后相繼有索南嘉措、元丹嘉措、羅桑桑丹、羅桑益希、羅桑阿旺毛蘭木等頗有名氣的五位禪師，次第在這里坐禪，至今在塔延森林中尚存幾十處禪房遺址。明萬歷六年(1578年)三世達賴喇嘛索南嘉措與俺答汗的會晤，促進了藏傳佛教在蒙古族中的廣泛傳播。明萬歷十一年(1583年)，三世達賴喇嘛索南嘉措又到塔爾寺講經。此時，道希汗禪師專程到塔爾寺朝拜，得到三世達賴喇嘛準許，在塔延山口修建了一所靜慮室(禪室)，這就是都蘭寺的雛型。
明崇禎七年(1634年)霞巴丹津呼圖克圖來到塔延山口靜慮室主持寺院佛事。清順治元年至四年(1644-1647年)間由他在靜慮室的基礎上修建了一座正規的格魯派寺院，這就是聞名于青海蒙古族地區的都蘭寺，霞巴丹津呼圖克圖后來歷輩轉世封號為丹津呼圖克圖，成為該寺寺主。
清康熙二十六年(1687年)，從二世丹津呼圖克圖楚臣嘉措起該寺實行時輪修供儀軌，并增設了時輪經院，擴大了寺院規模，從清雍正三年(1726年)起，清朝政府對青海蒙古實行編旗制。清雍正十三年(1735年)，當地蒙旗首領入京朝拜清世宗，世宗皇帝高度贊賞了都蘭寺的佛事活動，并賞賜了一對木制豎匾和在黃緞子上用金汁書寫的獎狀，以及扶持該寺佛事活動的銀幣等。清乾 隆元年至三年(公元1736-1738年)間，在該寺大院內修建了一座四合院王府，俗稱“供老爺廟”，從此左翼各王公臺古都相繼于此寺設立行署。當時該寺有屬民1600余戶，并有500余戶藏漢民戶加人蒙古族籍。民國17年(公元1928年)都蘭理事改為都蘭縣，設都蘭縣衙，設置防軍于該地。這里為左翼盟各旗互市之所，商務甚盛。該寺在柴達木30余處佛寺中最為著名，有僧眾1000余名，房300余間，和一座36根柱子的大經堂。寺院阿拉巴特屬(民)200余戶有數千只牲畜，以牧獵撈鹽為生。據說該寺對佛法及經典的理解，較東部各寺為高深，故常有高僧出現，如當時在安多地區稱為索南三尊者之一的索南達娃，就是該寺時輪院中的高僧之一。此外原靜慮室的100多名道行高深的禪徒在家潛修，人們稱為仁增巴(持明者)。
清乾隆末年六世班禪羅桑貝丹意希去北京時路過都蘭寺，祈禱天下太平，眾生安居樂業。咸豐元年和清光緒二十二年(公元1896年)該寺曾兩次受到嚴重破壞，除大經堂外，其它大部分房屋被燒毀，寺內保存的珍貴文物及歷史書籍也化為灰燼。
民國6年(公元1917年)由八世丹津呼圖克圖羅桑丹貝尼瑪重建都蘭寺，不久修復。民國年間苛捐雜稅日甚，民族械斗日益增多，牧民群眾生活困苦，寺院的收入減少。民國21年住寺阿卡由1919年的40人減少到20余人。直至解放，住寺僧侶一直僅20余名，其中活佛2名；房屋114間，其中，28根柱子的經堂2座，36間，僧客房40間，拉讓(活佛住宅)5間，廚房5間，時輪大塔周圍的嘛呢房28間；牲畜250余頭，耕地300余畝。水磨1盤。生活比較富裕。
1955年起，由八世丹津呼圖克圖(清王朝對大活佛的封號)主持，擴建都蘭寺，建成有30根柱子、兩層樓房的大殿，共32間，其下院為僧舍，共15間，另外，專修燒施堂1座，共9間，上下兩院共有56間。當時，有一僧侶136名，新舊2座寺院共有房屋170間。其中，68間的3座經堂，9間的一座燒施堂， 50間的僧客房，28間嘛呢房，10間廚房，5間拉讓。牲畜700余頭，耕地300余畝，水磨1盤。
都蘭寺50年代末被拆毀。1979年之后，八世丹津呼圖克圖在熱心僧眾的積極參與、支持和信教群眾的積極幫助下，重新恢復了都蘭寺，恢復后的都蘭寺有僧侶46名，房屋87間。其中，20根柱子的經堂1座，共12間，其周圍有18間嘛呢房；僧客房9間，廚房2間，時輪大塔1座，周圍有24間嘛呢房；新建上下兩院的拉讓1座，拉讓內供有多聞天王，兄妹護法，天王身等卷軸畫像。上院為磚木結構的兩層樓房，共10間。上層殿內供有釋迦牟尼佛像，端坐正堂，兩側侍立著他的兩位大弟子，即合利佛和目健連，宗喀巴師徒三圣像皆為鎦金銅像，各高約5尺許。一側依次供有藥師八如來塑像，以及智慧之神文殊菩薩像；另一側供有格魯派創始人一代宗師宗喀巴大師鎦金塑像，高約4米，兩側塑像為大師的兩大弟子即甲曹杰和克主杰，各高約7尺，藏文史籍中常稱其為“師徒三圣”。殿堂兩側書龕中供有整套用金汁寫成的《甘珠爾》大藏經，全套共108函，每函約重六七十斤。據說，一只雄健的駱駝也只能馱四函。此外尚有1部金汁書寫的《般若八千頌》。歷史上，這兩套佛經被公認為青海境內珍藏的精品。墻壁兩側還供有許多精制的宗喀巴小鎦金銅像，據傳有千尊之多。殿內還供有歷輩丹津呼圖克圖的銀制舍利塔。此外殿內還珍藏有許多藏傳佛教所獨有的藝術珍品卷軸畫，如千手千眼觀世音像，密宗事部三怙主、集密、勝樂、怖畏金剛等密宗本尊像，以及大黑天、閻羅王、吉祥天女等各路護法神像。樓下供有宗喀巴師徒三圣像，高約2尺。正中為六世班禪貝丹意希的法座。下院為客房，共12間。現在寺院宗教生活正常，一年四季前去朝拜的蒙古族信佛群眾絡繹不絕。
